يري المهتمون بملف الإسلام السياسي في مصر أن ثورة 30 يونيو كشفت الغطاء عن التنظيمات الإرهابية والجماعات المسلحة في مصر وكشفت الوجه الحقيقي للجماعات التي ظلت تعمل تحت غطاء الدين علي مدار عقود وفي مقدمتها جماعة الإخوان، حيث انقسمت خريطة التنظيمات الإسلامية في مصر إلي جزئين الأول أعلن عن ميله الي الوسطية والتماشي مع سياسات الدولة والتزم جانب الحيط ويمثله السلفيون وحزب النور، والأخر هو التنظيمات المسلحة التي تبنت وتيرة العنف ويمكن ان نطلق عليه الإخوان وحلفاؤها.

حركة التنظيمات المسلحة في مصر تشبه الامواج الناتجه عن رسم القلب، علت في فترات وظلت كامنة دون حركة في فترات أخري وفقًا للظروف الأمنية والمناخ العام للدولة، ويمكننا إلقاء الضوء علي نشأة وأيدلوجية هذه الجاماعات لفهم العلاقةو التي تربطها وعلاقتها بالتنظيم الأم وهي جماعة الإخوان .

الحقيقية التي يغفل عنها الكثيرون أن الإخوان لم تكن جماعة العنف الاولي في تاريخ الحركة الإسلامية حيث سبقها أول كيان منظم للجماعات المتشددة في مصر في عام 1913، وجاءت بعده حركة أنصار السنة المحمدية في عام 1926، ولكن كانت جماعة الإخوان أكثر تنظيمًا وثبوتًا علي الأرض لذلك اكتسبت روحًا أطول من التنظيمات التي سبقتها .

يميل الباحثين إلي وصف جماعة الإخوان بـ«الحرباء» لأنه الوصف الأقرب والذي يتناسب مع تحولات الجماعة الفكرية علي مدار تاريخها، حيث نجحت جماعة الإخوان منذ نشأتها في 1928 في إقناع الناس أنها كيان يميل الي الصوفية وويهدف إلي الدعوة إلي الله، والحقيقة أنها كانت تنظر الفرصة لتخلع عنها ثوب التصوف لتظهر بوجهها الحقيقي عام 1938 تماشيًا من الجماعات المسلحة التي ظهرت في مصر بالتزامن مع الحرب العالمية الثانية، وعام 1940 أعلنت الجماعة عن النظام الخاص أو التنظيم المسلح جيشها الخاص الذي جري تدريبه وتسليحه علي أكمل وجه ليكون بديلاً في مواجهة الدولة، والذي تطور علي مختلف المراحل التي مرت بها الجماعة لكنه لم يختفي وظل ينفذ عملياته سرًا والتاريخ حافل بجرائم النظام الخاص من وقائع اغيالات وتفجيرات اعترف بها الإخوان نفسهم .

وبعد ثورة 30 يونيو وبشهادة قيادات منشقين عن الجماعة أبرزهم ثروت الخرباوي الذي أكد أن كافة التنظيمات المسلحة التي ظهرت خرجت من رحم التنظيم الخاص للإخوان سواءا حسم أو لواء الثورة أو العقاب الثوري وغيرهم، مؤكدًا أنها بايعت داعش وحدث تعاون بينها وبين أنصار بيت القدس(فرع داعش في مصر) علي تنفيذ عدد من العلمليات منها ما تم بالفعل ولكن تصدي الجيش المصري والشرطة لمعظمها.

هناك جماعات لا تنتمي تنظيمًا للإخوان ولكن بالنظر الي مرجعيتها الفكرية نجد أن جذورها إخوانية ومؤسسيها كانوا أعضاء في تنظيم الإخوان منها أنصار بيت المقدس، الجماعة الإسلامية، حركة التكفير والهجرة، والقاعدة" و إن كانت الخيرة أخطرهم.

ويمكن تقسيم التنظيمات الإرهابية التي تعمل في مصرإلي:

1. جماعة الإخوان والحركات المنبثقة عنها مثل حسم ولواء الثورة والمقاومة الشعبية والعقاب الثوري وكلها حركات ظهرت بعد 2013 ونفذت عمليات استهدفت الجيش والشرطة.
2. تنظيم أنصار بيت المقدس (أو ولاية سيناء): ظهر في عام 2011، وأعلن مبايعة تنظيم داعش وتغيير اسمه في نهاية عام 201 بعد مبايعته لتنظيم داعش.
3. تنظيم أجناد مصر: ظهر اسمه قبل نحو سنة، ورفض مبايعة تنظيم داعش الإرهابي أو العمل تحت راية تنظيم القاعدة. نفذ الكثير من العمليات في عمق مصر بعيدا عن سيناء، أغلبها تفجيرات باستخدام عبوات ناسفة.
4. المرابطين المتهم الأول في عملية الواحات ويقودها الظابط المفصول من الجيش هشام العشماوي وتتبني فكر السلفية الجهادية التكفيري.
5. «التوحيد والجهاد»: جماعة تكوّنت في سيناء عقب هروب عناصرها الإرهابية، والتي عملت سابقا تحت تسميات متعددة، من الملاحقات الأمنية في مختلف أرجاء مصر خلال عقود ماضية. مسؤولة عن عدد من عمليات استهداف الجنود وخطفهم في سيناء.

بالإضافة إلي  فلول من جماعات و«جند الإسلام» و«مجلس شورى المجاهدين» و«التكفير والهجرة»: موجودون في غالبيتهم في سيناء، وأغلبهم يوالي «القاعدة» آيديولوجيًا.